• facebook
  • linkedin
  • youtube

Pojava SARS-CoV-2 B.1.1.7 Linija

Sjedinjene Američke Države, 29. decembar 202012. januara 2021

Summer E. Galloway, dr. 1 ;dr Prabasaj Paul 1 ;Duncan R. MacCannell, dr. 2 ;dr Michael A. Johansson 1 ;

John T. Brooks, MD 1;dr Adam MacNeil 1 ;Rachel B. Slayton, dr. 1 ;Suxiang Tong, dr. 1 ;Benjamin J. Silk, dr. 1 ;Gregory L. Armstrong, MD 2 ;

Matthew Biggerstaff, ScD 1 ;Vivien G. Dugan, dr

15. januara 2021. ovaj izvještaj je objavljen kao MMWRRano objavljivanje na web stranici MMWR (https://www.cdc.gov/mmwr).

Ujedinjeno Kraljevstvo je izvijestilo 14. decembra 2020zabrinjavajuća varijanta SARS-CoV-2 (VOC), loza B.1.1.7,takođe se naziva VOC 202012/01 ili 20I/501Y.V1.*Procjenjuje se da se varijanta B.1.1.7 pojavila u septembru2020. i brzo je postao dominantan u opticajuSARS-CoV-2 varijanta u Engleskoj (1).B.1.1.7 je biootkriven u preko 30 zemalja, uključujući Sjedinjene Američke Države.Asod 13. januara 2021. ima približno 76 slučajeva B.1.1.7otkriven u 12 američkih država.Više linija dokazaukazuju da se B.1.1.7 efikasnije prenosi nego što je to slučajdruge varijante SARS-CoV-2 (13).Modelirana putanja odova varijanta u SAD-u pokazuje brz rast početkom 2021.postaje dominantna varijanta u martu.PovećanoPrenošenje SARS-CoV-2 može ugroziti zdravstvenu zaštituresursa, zahtijevaju proširenu i rigorozniju implementacijujavnozdravstvenih strategija (4) i povećati procenat odpopulacijski imunitet potreban za kontrolu pandemije.Uzimanjemjere za smanjenje prijenosa sada mogu smanjiti potencijaluticaj B.1.1.7 i dozvoliti kritično vreme za povećanje vakcinepokrivenost.Zajedno, poboljšan genomski nadzoru kombinaciji sa kontinuiranim poštovanjem efektivne javnostizdravstvene mjere, uključujući vakcinaciju, fizičko distanciranje,korištenje maski, higijena ruku, te izolacija i karantin, hoćebiti od suštinskog značaja za ograničavanje širenja SARS-CoV-2, virusakoji uzrokuje bolest korona virus 2019 (COVID-19).Strateškitestiranje osoba bez simptoma, ali pod većim rizikom odinfekcija, kao što su oni koji su bili izloženi SARS-CoV-2 ili koji imajučesti neizbježni kontakti sa javnošću, obezbjeđuje drugomogućnost ograničavanja tekućeg širenja.

Globalni genomski nadzor i brzo dijeljenje otvorenog kodaOdređivanje sekvenci virusnog genoma omogućilo je skoro u realnom vremenuotkrivanje, poređenje i praćenje SARS-CoV-2 u razvojuvarijante koje mogu informirati o naporima javnog zdravstva za kontrolupandemija.Dok su neke mutacije u virusnom genomukada se pojave, a zatim se povuku, drugi bi mogli dati selektivnu prednostvarijanti, uključujući poboljšanu prenosivost, tako datakva varijanta može brzo dominirati drugim cirkulirajućim varijantama.

Na početku pandemije, varijante SARS-CoV-2 koje sadržeD614G mutacija u šiljku (S) proteinu koja se povećavaavidnost vezivanja receptora brzo je postala dominantna kod mnogihgeografske regije (5,6).U kasnu jesen 2020. godine, više zemalja je prijavilo otkrivanjeVarijante SARS-CoV-2 koje se efikasnije šire.Osim togado varijante B.1.1.7, značajne varijante uključuju B.1.351loza prvi put otkrivena u Južnoj Africi i nedavno identificiranaB.1.1.28 potklasa (preimenovanaP.1) otkrivena kod četiri putnikaiz Brazila tokom rutinske projekcije u Hanedi (Tokio)aerodrom.§ Ove varijante nose konstelaciju genetskih mutacije, uključujući domen za vezivanje receptora za S protein,koji je neophodan za vezivanje za angiotenzin ćelije domaćina-pretvaranje enzima-2 (ACE-2) receptora za olakšavanje virusaulazak.Dokazi sugeriraju da su u njima pronađene i druge mutacijevarijante mogu dati ne samo povećanu prenosivost većtakođe može uticati na performanse neke dijagnostike u realnom vremenureverzna transkripcijalančana reakcija polimeraze (RT-PCR)testovii smanjuju podložnost neutralizirajućim antitijelima(2,3,510).Nedavni izvještaj o slučaju dokumentirao je prvi slučajReinfekcija SARS-CoV-2 u Brazilu sa varijantom SARS-CoV-2koji je sadržavao mutaciju E484K,** koja je pokazanoza smanjenje neutralizacije rekonvalescentnim serumima i monoklonskimantitela (9,10).

Ovaj izvještaj se fokusira na pojavu varijante B.1.1.7u Sjedinjenim Američkim Državama.Od 12. januara 2021. niB.1.351 niti P.1 varijante su otkrivene uSjedinjene Države.Za informacije o nastanku SARS-CoV-2varijante zabrinutosti, CDC održava web stranicu posvećenupružanje informacija o novim varijantama SARS-CoV-2.††

 B.1.1.7 loza (20I/501Y.V1)

B.1.1.7 varijanta nosi mutaciju u S proteinu(N501Y) koji utiče na konformaciju vezivanja receptoradomena.Ova varijanta ima 13 drugih B.1.1.7 mutacija koje definišu lozu (tabela), od kojih se nekoliko nalazi u S proteinu,uključujući brisanje na pozicijama 69 i 70 (del6970) tospontano evoluirao u drugim varijantama SARS-CoV-2 i jestepretpostavlja se da povećavaju prenosivost (2,7).Brisanjena pozicijama 69 i 70 uzrokuje neuspjeh cilja S-gena (SGTF)u najmanje jednom RT-PCRbaziran dijagnostički test (tjThermoFisher Taq Path test COVID-19, varijanta B.1.1.7ant i druge varijante sa del6970 proizvodi negativrezultat za cilj S-gena i pozitivan rezultat za druga dvamete);SGTF je služio kao zastupnik u Ujedinjenom Kraljevstvuza identifikaciju slučajeva B.1.1.7 (1).Višestruki dokazi ukazuju da je B.1.1.7 višeefikasno prenosi u poređenju sa drugim SARS-CoV-2varijante koje kruže u Ujedinjenom Kraljevstvu.UK regije saveći udio sekvenci B.1.1.7 imao je bržu epidemijurast nego u drugim oblastima, dijagnoza sa SGTF se povećalabrže nego kod ne-SGTF dijagnoze u istim područjima, i aveći udio kontakata zaražen je indeksnim pacijentimasa B.1.1.7 infekcijama nego kod indeksnih pacijenata inficiranih saostale varijante (1,3).Varijanta B.1.1.7 ima potencijal da poveća pandemijska putanja u narednim mjesecima.Da bi ilustrovali ovaj efekat,razvijen je jednostavan dvovarijantni model odjeljka.Trenutna prevalencija B.1.1.7 u SAD-u među svima koji cirkulirajuvirusa je nepoznat, ali se smatra da je <0,5% na osnovuograničen broj otkrivenih slučajeva i podaci SGTF-a (8).Zamodela, početne pretpostavke su uključivale rasprostranjenost B.1.1.7od 0,5% među svim infekcijama, imunitet na SARS-CoV-2prethodna infekcija od 10%30%, reprodukcija koja varira u vremenubroj (R t ) od 1,1 (smanjena, ali sve veća transmisija)ili 0,9 (spadajuća transmisija) za trenutne varijante, a prijavljena je incidenca od 60 slučajeva na 100.000 osoba dnevno na dan1. januara 2021. Ove pretpostavke ne predstavljaju preciznobilo koju pojedinačnu lokaciju u SAD, već naprotiv, ukazuju na generalizacijuuslovima uobičajenim širom zemlje.Promjena R t je završenavrijeme koje je rezultat stečenog imuniteta i sve većeg preovlađivanjamodel B.1.1.7, uz pretpostavku da je B.1.1.7 R tda bude konstanta 1,5 puta veća od R t trenutnih varijanti, na osnovupočetne procjene iz Ujedinjenog Kraljevstva (1,3).Zatim je modeliran potencijalni uticaj vakcinacijepod pretpostavkom da je primijenjeno 1 milion doza vakcine podan koji počinje 1. januara 2021. godine, i to 95% imunitetaje postignut 14 dana nakon prijema 2 doze.Konkretno,imunitet protiv infekcije bilo trenutnim varijantama iliPretpostavljena je varijanta B.1.1.7, iako je efektivnost itrajanje zaštite od infekcije ostaje neizvjesno,jer to nije bila primarna krajnja tačka kliničkih ispitivanjaza početne vakcine.U ovom modelu, prevalencija B.1.1.7 je u početku niska, ali zato štoprenosiviji je od sadašnjih varijanti, pokazujebrz rast početkom 2021. godine, postajući dominantna varijantamrav u martu (Slika 1).Da li prenos strujevarijante raste (početno R t = 1,1) ili polako opada(početni R t = 0,9) u januaru, B.1.1.7 dovodi do značajne promjeneu prijenosnoj trajektoriji i novoj fazi eksponencijalarast.Uz vakcinaciju koja štiti od infekcije,rane putanje epidemije se ne mijenjaju i B.1.1.7 se širii dalje javlja (slika 2).Međutim, nakon što B.1.1.7 postanedominantna varijanta, njen prenos je znatno smanjen.Utjecaj vakcinacije na smanjenje prijenosa u bliskoj blizinitermin je bio najveći u scenariju u kojem je bio prijenosveć opada (početni R t = 0,9) (slika 2).Rani napori kojimože ograničiti širenje varijante B.1.1.7, kao što su univerzalni ipovećana usklađenost sa strategijama ublažavanja uticaja javnog zdravlja,će omogućiti više vremena za tekuću vakcinaciju kako bi se postiglo višeimunitet na nivou populacije.

Diskusija

Trenutno ne postoji poznata razlika u kliničkim ishodimapovezane s opisanim varijantama SARS-CoV-2;kako god,veća stopa prenosa će dovesti do više slučajeva, što će se povećatiukupan broj osoba kojima je potrebna klinička njega, nazspuštajući teret na već napeti zdravstveni sistem,a rezultiralo je još više smrtnih slučajeva.Nastavak genomskog nadzoraidentifikovati slučajeve B.1.1.7, kao i pojavu drugihvarijante zabrinutosti u Sjedinjenim Državama, važno je zaOdgovor javnog zdravlja na COVID-19.Dok rezultati SGTF-amože pomoći u identifikaciji potencijalnih slučajeva B.1.1.7 koji se mogu potvrditisekvencioniranjem, identificiranjem prioritetnih varijanti koje se ne pokazujuSGTF se oslanja isključivo na nadzor zasnovan na sekvenci.

 

 

 

Oznaka varijante

Prva identifikacija  

Karakteristične mutacije

(protein: mutacija)

Broj trenutno potvrđenih slučajeva br

zemlje sa

sekvence

Lokacija Datum Sjedinjene Države širom svijeta  
B.1.1.7 (20I/501Y.V1) ujedinjeno kraljevstvo Sep 2020 ORF1ab: T1001I, A1708D, I2230T,

del36753677 SGF

S: del6970 HV, del144 Y, N501Y,

A570D, D614G, P681H, T761I,

S982A, D1118H

ORF8: Q27stop, R52I, Y73C

N: D3L, S235F

76 15,369 36
B.1.351 (20H/501Y.V2) Južna Afrika Okt 2020 ORF1ab: K1655N

E: P71L

N: T205I

S:K417N, E484K, N501Y, D614G,

A701V

0 415 13

 

P.1 (20J/501Y.V3 Brazil i Japan Januar 2021 ORF1ab: F681L, I760T, S1188L,

K1795Q, del36753677 SGF, E5662D

S: L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S,

K417T, E484K, N501Y, D614G,

H655Y, T1027I

ORF3a: C174G

ORF8: E92K

ORF9: Q77E

ORF14: V49L

N: P80R

0 35 2

 

Skraćenice: del = brisanje;E = protein omotača;N = nukleokapsidni protein;ORF = otvoreni okvir za čitanje;S = spike protein.

Iskustvo u Ujedinjenom Kraljevstvu i B.1.1.7 modelipredstavljeni u ovom izvještaju ilustruju uticaj koji je zaraznijivarijanta može imati na broj slučajeva u populaciji.Thepovećana prenosivost ove varijante zahtijeva još višerigorozno kombinovano sprovođenje vakcinacije i mitigemjere (npr. distanciranje, maskiranje i higijena ruku)za kontrolu širenja SARS-CoV-2.Ove mjere će bitiefikasnije ako se uvedu prije nego kasnijeda uspori početno širenje varijante B.1.1.7.Napori dapripremiti zdravstveni sistem za daljnje skokove u slučajevima sugarantovano.Povećana prenosivost znači i da je većanego što je predviđeno da se obuhvat vakcinacijom mora postićipostići isti nivo kontrole bolesti radi zaštite javnostiu poređenju sa manje prenosivim varijantama.U saradnji sa akademskim, industrijskim, državnim, teritorijalnim,plemenske i lokalne partnere, CDC i druge savezne agencijekoordiniraju i poboljšavaju genomski nadzor inapori za karakterizaciju virusa širom Sjedinjenih Država.CDCkoordinira napore SAD za sekvencioniranje putem SARS-CoV-2Redoslijed odgovora na vanredne situacije javnog zdravlja,Epidemiologija i nadzor (SFERE)§§konzorcij,koji uključuje približno 170 institucija koje učestvuju i promiče otvorenu razmjenu podataka kako bi se olakšala upotreba SARS-CoV-2podaci o sekvenci.Za praćenje evolucije virusa SARS-CoV-2, CDC jeimplementacija višestranog genomskog nadzora radi razumijevanjaepidemiološki, imunološki i evolucijski procesikoji oblikuju virusnu filogeniju (filodinamiku);vodi izbijanjeistrage;i olakšati otkrivanje i karakterizacijucija mogućih reinfekcija, slučajevi prodora vakcine inove virusne varijante.U novembru 2020. osnovan je CDCNacionalni program za nadzor sojeva SARS-CoV-2 (NS3).poboljšati reprezentativnost domaćeg SARS-CoV-2sekvence.Program sarađuje sa 64 američke javnostizdravstvene laboratorije za podršku sistemu genomskog nadzora;NS3 također gradi kolekciju uzoraka SARS-CoV-2 and sekvence koje podržavaju odgovor javnog zdravlja i naučneistraživanje za procjenu utjecaja mutacija napostojeće preporučene medicinske protivmjere.CDC imatakođer sklopio ugovor s nekoliko velikih komercijalnih kliničkih laboratorijada brzo sekvencioniraju desetine hiljada SARS-CoV-2pozitivnih uzoraka svakog mjeseca i finansirao je sedam akademskihinstitucije da u partnerstvu sprovode genomski nadzorsa agencijama za javno zdravstvo, čime se značajno povećavadostupnost pravovremenih podataka genomskog nadzora sa svih stranaSjedinjene Države.Pored ovih nacionalnih inicijativa,mnoge državne i lokalne agencije za javno zdravstvo određuju sekvence

SLIKA 1. Simulirane putanje incidencije* trenutnih SARS-CoV-2 varijanti i varijante B.1.1.7,pod pretpostavkom da nema vakcinacije u zajednicii ili početni R t = 1,1 (A) ili početni R t = 0,9 (B) za trenutne varijanteSjedinjene Američke Države, januarapril 2021

 

slika 1
slika 2
skraćenice
slika 1

SARS-CoV-2 za bolje razumijevanje lokalne epidemiologije ipodržati odgovor javnog zdravlja na pandemiju.Nalazi u ovom izvještaju podliježu najmanje tri ograničenjatacije.Prvo, veličina povećanja transmisibilu Sjedinjenim Državama u poređenju sa onim uočenim uUjedinjeno Kraljevstvo ostaje nejasno.Drugo, rasprostranjenostB.1.1.7 u Sjedinjenim Državama je također nepoznat u ovom trenutku, aliotkrivanje varijanti i procjena prevalencije će se poboljšatiuz pojačane napore američkog nadzora.Konačno, lokalna mitigamjere su također vrlo varijabilne, što dovodi do varijacija uR t .Specifični rezultati koji su ovdje predstavljeni zasnovani su na simulacijii pretpostavili da nema promjena u ublažavanju nakon 1. januara.Povećana prenosivost B.1.1.7 varijante rataizgovara rigoroznu implementaciju strategija javnog zdravljasmanjiti prijenos i smanjiti potencijalni uticaj B.1.1.7,kupovina kritičnog vremena za povećanje pokrivenosti vakcinacijom.CDC'Spodaci modeliranja pokazuju da je univerzalna upotreba i povećana komplmerama ublažavanja i vakcinacijom su od ključne važnostiznačajno smanjiti broj novozaraženih i umrlih unarednih mjeseci.Dalje, strateško testiranje osoba bezsimptoma COVID-19, ali koji su pod povećanim rizikom zainfekcija SARS-CoV-2, pruža još jednu priliku daograničiti tekući širenje.Kolektivno, poboljšani genomski nadzorlance u kombinaciji s povećanom usklađenošću s javnim zdravljemstrategije ublažavanja, uključujući vakcinaciju, fizičku distancunošenje, korištenje maski, higijena ruku, te izolacija i karantin,bit će od suštinskog značaja za ograničavanje širenja SARS-CoV-2 izaštite javnog zdravlja.

Priznanja

Članovi Sekvenca za hitne slučajeve javnog zdravljaKonzorcij za odgovor, epidemiologiju i nadzor;državni i lokalnilaboratorije javnog zdravlja;Udruženje laboratorija za javno zdravlje;CDC COVID-19 tim za odgovor;Ogranak respiratornih virusa,Odsjek za virusne bolesti, CDC. Komitet urednika medicinskih časopisa obrazac za otkrivanje potencijalasukoba interesa.Nije otkriven nijedan potencijalni sukob interesa.

Reference

1. Javno zdravstvo Engleske.Istraga nove varijante SARS-CoV-2: varijanta zabrinutosti 202012/01, tehnički brifing 3. London, Ujedinjeno Kraljevstvo: Javno zdravstvo Engleske;2020. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/950823/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_3_-_England.pdf
2. Kemp SA, Harvey WT, Datir RP, et al.Ponavljano pojavljivanje i prijenos delecije šiljka SARS-CoV-2 ΔH69/V70.bioRxiv[Preprint objavljen na mreži 14. januara 2021.].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.14.422555v4
3. Volz E, Mishra S, Chand M, et al.Prenos SARS-CoV-2 loze B.1.1.7 u Engleskoj: uvidi iz povezivanja epidemioloških i genetskih podataka.medRxiv [Preprint objavljen na mreži 4. januara 2021.].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.30.20249034v2
4. Honein MA, Christie A, Rose DA, et al.;CDC COVID-19 tim za odgovor.Sažetak smjernica za javnozdravstvene strategije za rješavanje visokog nivoa prenošenja SARS-CoV-2 u zajednici i povezanih smrtnih slučajeva, decembar 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2020;69:1860–7.PMID:33301434 https://doi.org/10.15585/10.15585/10.15585
5. Volz E, Hill V, McCrone JT, et al.;COG-UK konzorcij.Procjena efekata SARS-CoV-2 šiljaste mutacije D614G na prenosivost i patogenost.Cell 2021;184:64–75.e11.PMID:33275900 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.11.020
6. Korber B, Fischer WM, Gnanakaran S, et al.;Sheffield COVID-19 Genomics Group.Praćenje promjena u porastu SARS-CoV-2: dokaz da D614G povećava infektivnost virusa COVID-19.Cell
2020;182:812–27.PMID:32697968 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.043
7. McCarthy KR, Rennick LJ, Namnulli S, et al.Prirodna brisanja u glikoproteinu SARS-CoV-2 pokreću bijeg antitijela.bioRxiv [Preprint objavljen na mreži 19. novembra 2020.].https://www.biorxiv.org/content/
10.1101/2020.11.19.389916v18.Washington NL, White S, Schiabor KM, Cirulli ET, Bolze A, Lu JT.S obrasci napuštanja gena u testovima SARS-CoV-2 ukazuju na širenje mutacije H69del/V70del u SAD-u.medRxiv [Preprint objavljen na mreži 30. decembra 2020.].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.24.20248814v1
9. Weisblum Y, Schmidt F, Zhang F, et al.Pobjeći od neutralizirajućih antitijela pomoću SARS-CoV-2 spike proteinskih varijanti.eLife 2020;9:e61312.PMID:33112236 https://doi.org/10.7554/eLife.61312
10. Greaney AJ, Loes AN, Crawford KHD, et al.Sveobuhvatno mapiranje mutacija na domenu za vezanje receptora SARS-CoV-2 koje utječu na prepoznavanje od strane poliklonskih humanih serumskih antitijela.bioRxiv [Preprint objavljen na mreži 4. januara 2021.].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1


Vrijeme objave: Feb-11-2021